В соответствии с ч.1 ст.7 Федерального закона № 212-ФЗ объектом обложения страховыми взносами признаются выплаты и иные вознаграждения, начисленные в пользу физических лиц по трудовым и гражданско-правовым договорам, предметом которых является выполнение работ, оказание услуг (за исключением вознаграждений, выплачиваемых лицам, указанным в п. 2 ч.1 ст. 5 Федерального закона № 212-ФЗ), а также по договорам авторского заказа, договорам об отчуждении исключительного права на произведения науки, литературы, искусства, издательским лицензионным договорам, лицензионным договорам о предоставлении права использования произведения науки, литературы, искусства, иным основаниям, предусмотренным соответствующими федеральными законами о конкретных видах обязательного социального страхования. Данная выплата произведена работнику в рамках его трудовых отношений с организацией и, значит, связана с трудовым договором. Таким образом, выплаты по договору подряда подлежат обложению страховыми взносами на основании части 1 статьи 7 указанного Федерального закона.
Добавлю к мнению Юлии, что начислить надо будет только взносы на ОПС и ОМС. Страховые взносы по нетрудоспособности и материнству начислять не стоит (п. 2 ч. 3 ст. 9 ФЗ от 24.07.2009 № 212-ФЗ).